Naruto ha estado entrenando con Jiraiya, mientras que los demás han alcanzado ya rangos superiores, en su mayoría chūnin. La Organización Akatsuki reaparece, y se revela que su objetivo es capturar a los nueve Bijū, las legendarias bestias con colas, la más poderosa de las cuales es el Kyūbi que contiene Naruto. Primero se lanzan a por el Shukaku, la que hay dentro de Gaara, consiguiéndola. A continuación, un nuevo miembro se une al equipo de Naruto, para reemplazar a Sasuke, Sai, y un nuevo sensei mientras Kakashi se recupera, Yamato.
Kakashi Hatake
Bajo su apariencia distante y despreocupada, Kakashi en realidad es un ninja extremadamente poderoso con unas habilidadades extraordinarias. Kakashi es el profesor de Naruto Uzumaki , Sakura Haruno y antiguamente de Sasuke Uchiha, como tal es un instructor iteligente y estricto que hace hincapie en el trabajo en equipo.
Naruto Uzumaki
Naruto parecera un travieso inadaptado luchando por desarrollar sus destrezas como ninja pero con un poco de ayuda de sus amigos y de sus maestros un dia podria transformarse en lider de su aldea (Hokage).
Sasuke Uchiha
Sasuke procede del famoso Clan Uchiha, el cual es uno de los más antiguos y poderosos de la aldea de Konoha. Fue uno de los tres integrantes del grupo 7, el del maestro Kakashi Hatake, junto con Naruto Uzumaki y Sakura Haruno. Al principio a Naruto lo tiene por un imbécil, aunque acabará convirtiéndolo en su mejor amigo y también su rival. Lo valora especialmente, ya que ambos comparten una infancia atípica. Trae loca a Sakura, igual que a Ino Yamanaka, pero parece ser que a él no le interesan tanto los enredos amorosos como su entrenamiento ninja. El renegado Sasuke ha sido corrompido por el sello de Orochimaru y ahora, por su sed de poder se ha vuelto contra los que una vez fueron sus amigos.
Sakura Haruno
En un principio, Sakura es mostrada como una joven inteligente, posiblemente la más inteligente de su grupo aunque un poco débil. Siempre demuestra su valor en las misiones. Como amiga, siempre está allí cuando se le necesita, aunque en un comienzo ignora a Naruto por que cree que siempre se está metiendo en su vida y sólo le hace caso a Sasuke, a quien al contrario de Naruto, ve como el chico más cool de la academia (y no sólo ella, casi todas las chicas). Pero de Sasuke lo único que recibe es indiferencia y éste la ve como una molestia. En el transcurso de la historia vemos como Naruto se va ganando el respeto y la amistad de Sakura al demostrarle que es fuerte y que realmente se preocupa por ella, aunque no dejan de molestarle muchas de sus idioteces. Desde el examen de Chunnin se comienza a ver un cambio en Sakura, primero la inseguridad de no sentirse preparada, y luego la obligación de defender a sus amigos, que siempre la han defendido.
Sakura ya no es un estorbo para el grupo, ya que gracias a al entrenamiento de Shizune ha conseguido una fuerza sobrehumana aplicando el chakra a sus brazos y piernas (igual que Tsunade).
Armas
Abanico: Es un abanico que usa Temari, es gigante y se usa con jutsus de aire. Un arma muy buena siempre que se combine con jutsus. En el combate cuerpo a cuerpo no es muy efectivo, solo para ataques a larga distancia.
Agujas: Están armas son agujas que tienen punta en los dos lados. Principalmente, no tienen mucho efecto, pero si las lanzas a órganos vitales o arterias, puede causar la muerte. Haku es el único que ha luchado con este tipo de armas en la serie. En realidad son como agujas de acupuntura.
Bombas de Humo: Las bombas de humo sirven para cegar al enemigo, confundirlo o para escapar.
Cascabel: Un cascabel normal no es ninguna arma. Pero los que usa Kin, una subordinada de Orochimaru, los usa para atacar con su sonido confundiendo o mareando al enemigo.
Doble Kunai: Como su nombre indica, son dos kunai juntos, que permite la acción de cortar doble. Es más efectivo en combate cuerpo a cuerpo, ya que no es fácil de tirar.
Fuuma Shuriken: Shuriken de tamaño más grande con 4 hojas desplegables, haciendo así que ocupe menos. Es muy efectivo a la hora de luchar y un arma bastante peligrosa.
Guante con Cadena: los usan los Hermanos del Demonio cuando el Equipo 7 va al País de la Ola. Cada uno de ellos tiene un guantelete en su brazo que contiene una cadena que los une. Ellos atan a su enemigo con la cadena, que tiene púas, y con la fuerza tiran a cada lado partiendo a su enemigo en pedazos.
Karasu y Kuronai: Karasu es una marioneta usada por Kankuro, el cual la controla usando hilos de chakra. Es un arma muy letal con un sinfín de accesorios mortales para atacar. Puede usar veneno para envenenar sus cuchillos. Kuronai es la segunda marioneta que le vemos a Kankuro, sirve para atrapar objetivas y se usa para asesinar conjunto a Karasu.
Kubikiri Houcho: Una espada muy grande usada por Zabusa. Esta arma es muy fuerte y causa un gran daño físico. Estas armas son muy pesadas y no son buenas a la hora de luchar contra adversarios que son rápidos.
Kunai: El kunai es un arma muy común entre los ninjas. Es una especie de cuchillo cortante que tiene una parte para agarrarlo mejor y lanzarlo con más fuerza para que tenga mucho más efecto. Es una de las mejores armas ninja que hay, y la mejor entre las armas más pequeñas, ya que tiene mucho potencial de ataque.
Kusangi: Otra espada legendaria que utiliza Orochimaru. Su tamaño es bastante normal y podría pasar por una espada normalita. Orochimaru la invoca sacando una serpiente por su boca y la serpiente saca la espada.
Makabishi: Son parecidos a los shurikens pero con 2 puntas, y con un tamaño más pequeño que el shuriken. Estas armas se arrojan al suelo, principalmente para trampas o como distraccion. No se pueden lanzar como los shuriken y kunais.
Papeles explosivos: Son una especie de papeles con un mensaje que en unos 5 segundos explota. Dependiendo del tipo de papel la explosión será más o menos fuerte. Se utilizan para trampas.
Paraguas: Usado por los ninjas de la Aldea Oculta de la Lluvia. Son paraguas especiales que contienen una gran cantidad agujas. Se usan junto con una técnica de especial de la Aldea Oculta de la Lluvia. Al lanzar el paraguas al aire este se abre y cae una lluvia de agujas sobre el enemigo.
Puño Americano: este arma se usa en combate cuerpo a cuerpo, pero si se usa con chakra puede cortar como un kunai, y el chakra hace más largo el alcance del puño americano. Lo usa Asuma.
Píldora de Soldado: Más que un arma es una medicina para incrementar la fuerza y resistencia del que ingiere la píldora. Los que la usan son principalmente los del Clan Inuzuka. La resistencia y fuerza que da dura durante tres días y tres noches.
Samehada: Esta es la espada legendaria de Hosigaki Kishame, no es una espada normal, ya que no corta si no que absorbe el chakra. Esta recubierta por vendas, y parece ser tan grande y pesada como la espada de Zabuza.
Shuriken: El shuriken es el arma clásica de cualquier ninja, es la estrella con puntas que se lanza a distancia para atacar al objetivo. También se puede usar en un jutsu, como Shuriken bunshin no jutsu: que lo que hace es una copia del shuriken.
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